L'origine del borgo, di cui si hanno notizie già in epoca romana, è da attribuirsi a popolazioni di antichi Liguri^[5]. Sul territorio sono stati trovati reperti risalenti anche al Neolitico. L'etimologia del nome mostra la radice germanica Berg con il significato di montagna, roccia, scoglio, evidentemente riferito alla conformazione dell'antistante isola omonima che si presenta come una montagna che esce dal mare.

Nel 992 i vescovi di Savona, proprietari del luogo, costruirono sull'isola un monastero custodente le presunte ceneri di sant'Eugenio, vescovo di Cartagine^[6]. Tra i secoli X e XI il borgo fortificato resistette alla frequenti incursioni piratesche saracene.

Nel 1385 il borgo venne venduto da papa Urbano VI alla Repubblica di Genova^[6] (l'isola di Bergeggi venne invece inglobata nei territori della Repubblica di Noli dal 1252 con la bolla pontificia di Innocenzo IV) che, assieme a Spotorno e Vado, fece parte della podesteria di Costa di Vado^[6]; quest'ultima, dal 1699, fu sottoposta alla giurisdizione del governatore di Savona^[6].

Con la caduta della Repubblica di Genova (1797), sull'onda della rivoluzione francese e a seguito della prima campagna d'Italia di Napoleone Bonaparte, il territorio di Bergeggi rientrò dal 2 dicembre 1797 nel Dipartimento del Letimbro, con capoluogo Savona, all'interno della Repubblica Ligure. Dal 28 aprile del 1798 fece parte del II cantone, capoluogo Spotorno, della Giurisdizione di Colombo e dal 1803 centro principale del I cantone di Savona nella Giurisdizione di Colombo. Annessa al Primo Impero francese dal 13 giugno 1805 al 1814 la municipalità di Bergeggi venne inserita nel Dipartimento di Montenotte.

Nel 1815 fu inglobato nel Regno di Sardegna, così come stabilirà il Congresso di Vienna del 1814, e successivamente nel Regno d'Italia dal 1861. Dal 1859 al 1927 il territorio fu compreso nel VI mandamento di Noli del circondario di Savona facente parte della provincia di Genova; nel 1927 anche il territorio comunale bergeggino passò sotto la neo costituita provincia di Savona.

Il 4 maggio del 1917, a due miglia dalla costa, il piroscafo inglese SS Transylvania fu affondato da un sottomarino tedesco. Sugli scogli di fronte alla zona dove avvenne il naufragio è stato eretto un monumento in memoria dei 414 caduti.

La sera del 25 ottobre del 1921 il paese pagò un grave tributo di vittime e danni a causa del disastro del forte sant'Elena. Oltre alle abitazioni, anche la chiesa parrocchiale di San Martino subì gravi danni. Una lapide sulla facciata della locale chiesa ricorda le vittime del disastro.

Dal 1973 al 31 dicembre 2008 ha fatto parte della Comunità montana del Giovo.

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